L’ordonnance du 22 septembre 2017 relative à la nouvelle organisation du dialogue social et économique dans l’entreprise instaure d’une nouvelle entité, le comité social et économique (CSE).
Le Code du travail prévoit que tout comité social et économique (CSE) peut, s'il l'estime utile, se faire assister d'un expert-comptable de son choix, pour les trois grandes consultations annuelles récurrentes. 

Le périmètre d'intervention de l'expert-comptable du CSE est fixé par les dispositions du Code du travail.

La décision de recourir à un expert, et le choix de cet expert appartiennent au CSE. L'employeur n'a pas à interférer dans ce choix.

À compter de la désignation par le CSE, l'expert-comptable notifie à l’employeur un cahier des charges, le coût prévisionnel, l’étendue et la durée d’expertise dans les 10 jours de sa nomination. 

Pour les besoins de sa mission, l'expert-comptable a libre accès dans l’entreprise et se voient fournir par l’employeur les informations qui leur sont nécessaires. 

L'expert-comptable du CSE est soumis à un devoir de discrétion.

 
L’essentiel des missions récurrentes ou ponctuelles s’inscrit dans le champ des prérogatives économiques du comité social et économique du CSE :
     - La mise en œuvre de la procédure d'alerte économique (C. trav., art. L. 2312-64), dans les conditions de l’article L. 2315-92 alinéa 2.
D'autres missions d'assistance du CSE sont prévues par le Code du travail : 
     - Lorsqu’une entreprise est partie à une opération de concentration telle que définie à l’article L. 430-1 du Code de commerce et notamment en cas de  fusion et acquisition (C. trav. art. L. 2312-41),
     - En cas d’Offre Publique d’Acquisition, (C. trav., art. L. 2312- 41),
     - En vue de l'examen du rapport de l'employeur relatif au calcul du montant de la réserve spéciale de participation,
     - Dans le cadre de la recherche de repreneur en cas de fermeture d’un établissement (C. trav., art L. 1233-57-17),
    - Pour l’accompagnement des organisations syndicales dans la négociation d’accords de performance collective prévue à l’article L. 2254-2 du Code du travail.
 
L'expert-comptable intervient également sur la mission légale de présentation des comptes du CSE. Cette mission consiste pour l'expert-comptable à établir les comptes annuels du CSE (bilan, compte de résultat, annexe comptable) et à les présenter aux élus. 
La mission de présentation des comptes du CSE a pour objectif de permettre à l’expert-comptable, sur la base de diligences, d’exprimer une assurance sur la cohérence et la vraisemblance des comptes. À l'issue de sa mission, l’expert-comptable rédige une attestation.

Le CSE peut également mandater un expert-comptable afin qu’il apporte toute analyse utile aux organisations syndicales pour préparer la négociation d’un accord visant à répondre aux nécessités liées au fonctionnement de l’entreprise ou à préserver, ou développer l’emploi ou d’un accord relatif au contenu du plan de sauvegarde de l’emploi (PSE).

Dans un tout autre domaine, le CSE peut faire appel à un expert agréé "qualité du travail et de l'emploi"  dans les cas suivants :
     - lorsqu’un risque grave, identifié et actuel, révélé ou non par un accident du travail, une maladie professionnelle ou à caractère professionnel est constaté dans l’établissement,
     -en cas d’introduction de nouvelles technologies ou de projet important modifiant les conditions de santé et de sécurité ou les conditions de travail,
       - dans les entreprises d’au moins 300 salariés, en vue de préparer la négociation sur l’égalité professionnelle.
 
Ces experts disposent d'une l’habilitation, c’est-à-dire une certification justifiant de compétences techniques. Cette certification est délivrée par un organisme certificateur accrédité par le comité français d’accréditation ou par tout autre organisme d’accréditation.

 
Le CSE peut aussi avoir recours à un expert "libre" pour tous travaux qu'il juge utiles. Dans ce cas, contrairement à ce qui est prévu pour les consultations récurrentes, le coût de cette expertise est à la charge du CSE (sauf accord plus favorable), et s'impute sur le budget de fonctionnement.